「M:i-2」2000年

【ストーリー】
バイオサイト製薬の研究員であるネコルヴィッチ博士は、同社で開発されたキメラウイルス (Chimera)と、その治療薬ベレロフォンを携えてシドニーからアトランタへ飛行機で移動する際、イーサン・ハントに護衛を依頼。イーサンが休暇中だったため、IMFはショーン・アンブローズを替え玉としてネコルヴィッチに同行させたが、途中で飛行機はアンブローズと手下らによって事故に見せかけ墜落させられてしまう。

イーサンは、アンブローズに強奪されたと見られるキメラを奪取するミッションを受けるが、上司の示した作戦は、アンブローズの元恋人のナイア・ホールを彼の元に潜入させ、キメラを奪った動機を探らせるというものだった。 イーサンはナイアに危険な役回りを担わせることをためらうが、なんとか彼女の協力をとりつける。

ナイアはシドニーでアンブローズとの接触に成功。一方イーサンはIMFのルーサー・スティッケル、ビリー・ベアードとチームを組み、ナイアを通じて情報を得る。 その結果、イーサンらはアンブローズがバイオサイトのCEOジョン・マクロイになんらかの取引を持ちかけたことを確認。次にマクロイを誘拐し、キメラの正体および、バイオサイトの元にあるキメラと、アンブローズが強奪したベレロフォンを用いて金儲けしようとするマクロイの目論見を聞き出す。 イーサンはキメラを破壊するためにバイオサイト本社に潜入するが、そのことを察知していたアンブローズらに襲撃を受け完全な破壊に失敗、更にその際アンブローズに連れてこられていたナイアが、窮地に陥っていたイーサンを助けるために残っていたキメラウイルスを自身に注射してしまう。

注射から20時間以内にベレロフォンを投与しなければ、ナイアはキメラにより死亡する。バイオサイト本社から脱出したイーサンは、翌日ベレロフォンを奪取するためにアンブローズとマクロイの取引現場に潜入。一方ナイアはキメラによるパンデミックを引き起こさせるため、アンブローズによって市街に放たれていた。
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