J1リーグ
鹿島アントラーズ 2年ぶり3度目の優勝！
年間総合順位
※上位2チームの順位はJリーグチャンピオンシップの結果により確定する。
| 順位 | クラブ名 | 勝点 | 試合 | 勝 | 延勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ※ | 鹿島アントラーズ | 55 | 30 | 15 | 3 | 4 | 8 | 48 | 27 | 21 |
| ※ | 横浜F・マリノス | 54 | 30 | 17 | 1 | 1 | 11 | 56 | 45 | 11 |
| 3 | 柏レイソル | 58 | 30 | 15 | 6 | 1 | 8 | 48 | 32 | 16 |
| 4 | ジュビロ磐田 | 55 | 30 | 17 | 2 | 0 | 11 | 67 | 42 | 25 |
| 5 | セレッソ大阪 | 48 | 30 | 14 | 3 | 0 | 13 | 54 | 49 | 5 |
| 6 | ガンバ大阪 | 45 | 30 | 13 | 2 | 2 | 13 | 47 | 43 | 4 |
| 7 | FC東京 | 43 | 30 | 12 | 3 | 1 | 14 | 47 | 41 | 6 |
| 8 | 清水エスパルス | 42 | 30 | 10 | 5 | 2 | 13 | 34 | 36 | −2 |
| 9 | 名古屋グランパスエイト | 41 | 30 | 11 | 3 | 2 | 14 | 42 | 45 | −3 |
| 10 | ヴェルディ川崎 | 38 | 30 | 10 | 2 | 4 | 14 | 46 | 44 | 2 |
| 11 | サンフレッチェ広島 | 37 | 30 | 9 | 4 | 2 | 15 | 40 | 40 | 0 |
| 12 | アビスパ福岡 | 37 | 30 | 9 | 4 | 2 | 15 | 41 | 48 | −7 |
| 13 | ヴィッセル神戸 | 33 | 30 | 10 | 1 | 1 | 18 | 40 | 49 | −9 |
| 14 | ジェフユナイテッド市原 | 28 | 30 | 8 | 1 | 2 | 19 | 37 | 49 | −12 |
| 15 | 京都パープルサンガ | 25 | 30 | 7 | 1 | 2 | 20 | 39 | 66 | −27 |
| 16 | 川崎フロンターレ | 21 | 30 | 3 | 4 | 4 | 19 | 26 | 56 | −30 |
「概要」 1stステージでは、終盤にかけて横浜FMとC大阪の両チームがマッチレースの様相を見せ、第14節の直接対決でC大阪が横浜FMに勝利して首位に立つが、最終節C大阪はホームで川崎に敗れ、アウェーで市原に勝利した横浜FMが優勝。J2からの昇格組の2チームのうち、FC東京は1stステージで開幕から3連勝、2ndステージでも開幕5連勝するなどの快進撃を見せ「東京旋風」と呼ばれるなど話題を作る。一方、川崎は選手・監督の大幅な入れ替えが裏目に出て、残留争いに巻き込まれるという対照的な結果になった。
2ndステージでは、前年からやや調子を落としていた鹿島が復調し、1stステージからの好調を維持する柏にG大阪を加えた三つどもえの様相となるが、終盤G大阪は第12節の柏との直接対決で敗れると以後勝利がなく（1分2敗）優勝争いから脱落。最終節で首位鹿島と2位柏の直接対決で雌雄を決することとなった。国立競技場（鹿島ホーム）で行われた試合は5万を超える観衆を集め、スコアレスドローで鹿島が優勝を手にした。下位では市原が失速し、残留争いに関わることになったが、結局1stステージの後れを取り戻せなかった川崎と京都が降格することとなった。
1stステージと2ndステージで大きく順位が入れ替わった結果、年間の最多勝ち点は1stステージ4位・2ndステージ2位の柏、2番目は1stステージ5位・2ndステージ3位の磐田となったが、レギュレーションにより年間成績はステージ優勝の横浜FM・鹿島に次ぐ3位・4位に留まった。年間勝ち点1位のクラブがリーグ優勝を逃した例はこれまで多数あったが、チャンピオンシップへの出場も逃したのはこれが史上初のケースであった。このことがのちにチャンピオンシップの存廃にかかわる問題、更には2015年から導入されたポストシーズンのレギュレーション検討にも影響を及ぼすことになる。
なお、FC東京は東京スタジアムが建設中の段階であったので、登録上の本拠地は駒沢オリンピック公園陸上競技場とした上で、国立競技場を主たる本拠とした（駒沢はキャパシティーはJ1規定を満たすが、ナイター設備がないため。前年J2在籍中に使用した国立西が丘サッカー場と江戸川区陸上競技場はいずれもJ1開催スペックに適合しないためJリーグナビスコカップでの使用に留めた）。
Jリーグチャンピオンシップ（J1リーグ）についてはサントリーが冠スポンサーとなり、サントリー・チャンピオンシップの名称で開催された。
ホーム・アンド・アウェーの2回戦制（1stステージの勝者が第1戦ホーム）で争われる。この年から決着方法が変更になり、第一戦の延長戦が廃止され、2試合の合計ゴールが同じなら第二戦の後にVゴール方式の延長戦→PK戦により勝敗を決定することとなった。
2試合合計3-0で、鹿島アントラーズが2年ぶり3度目の優勝を飾った。
2000 ヤマザキナビスコカップ
鹿島アントラーズ 4年振り2度目の優勝！
「概要」 決勝は、初のタイトルを狙う川崎フロンターレと、3度目の決勝進出となった鹿島の対戦となった。この年のニューヒーロー賞を獲得した鹿島の| FW鈴木隆行は、ナビスコカップ開始当初はレンタル移籍で川崎に所属しており（川崎の選手としては同大会2試合出場無得点）シーズン途中で鹿島に復帰。決勝では古巣との対戦となった。
試合では攻守にわたって鹿島が圧倒、2-0で鹿島が4年振り2度目の優勝を果たした。
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