| 順位 | マンガ名 | 集計巻 | 発行部数 |
| 1 | 花より男子 | 37巻＋完全版【完結】 | 6100万部 |
| 2 | ガラスの仮面 | 49巻時点 | 5000万部 |
| 3 | NANA-ナナ- | 21巻【完結】 | 4300万部 |
| 4 | 王家の紋章 | 66巻時点 | 4000万部 |
| 5 | のだめカンタービレ | 25巻【完結】 | 3700万部 |
| 6 | ちびまる子ちゃん | 17巻【完結】 | 3200万部 |
| 7 | フルーツバスケット | 23巻【完結】 | 3000万部 |
| 8 | ときめきトゥナイト | 30巻【完結】 | 2800万部 |
| 9 | イタズラなKiss | 23巻【完結】 | 2700万部 |
| 10 | あさりちゃん | 100巻【完結】 | 2650万部 |
| 11 | 有閑倶楽部 | 19巻時点＋文庫等含む | 2500万部 |
| 11 | パタリロ！ | 102巻時点 | 2500万部 |
| 11 | 生徒諸君！ | 24巻【完結】 | 2500万部 |
| 11 | ちはやふる | 45巻時点 | 2500万部 |
| 14 | 動物のお医者さん | 12巻【完結】 | 2160万部 |
| 15 | スケバン刑事 | 12巻【完結】 | 2000万部 |
| 15 | 美少女戦士セーラームーン | 18巻【完結】 | 2000万部 |
| 15 | ベルサイユのばら | 10巻【完結】 | 2000万部 |
| 15 | ふしぎ遊戯 | 18巻【完結】 | 2000万部 |
| 15 | ああっ女神さまっ | 48巻【完結】 | 2000万部 |
| 20 | 赤ちゃんと僕 | 18巻【完結】 | 1770万部 |
| 21 | あさきゆめみし | 13巻【完結】 | 1700万部 |
| 21 | 花ざかりの君たちへ | 23巻【完結】 | 1700万部 |
| 22 | 天は赤い河のほとり | 28巻【完結】 | 1600万部 |
| 23 | エースをねらえ！ | 18巻【完結】 | 1500万部 |
| 23 | BASARA | 27巻【完結】 | 1500万部 |
| 23 | カードキャプターさくら | 12巻【完結】 | 1500万部 |
| 24 | 夏目友人帳 | 25巻時点 | 1360万部 |
| 25 | ピーチガール | 18巻【完結】 | 1300万部 |
| 25 | 桜蘭高校ホスト部 | 18巻【完結】 | 1300万部 |
| 25 | ぼくの地球を守って | 21巻【完結】 | 1300万部 |
| 28 | キャンディ・キャンディ | 9巻【完結】 | 1200万部 |
| 28 | ラブ★コン | 17巻【完結】 | 1200万部 |
| 28 | Ｘ-エックス- | 18巻【完結】 | 1200万部 |
| 31 | 彼氏彼女の事情 | 17巻時点 | 1100万部 |
| 31 | 悪魔の花嫁 | 17巻【完結】 | 1100万部 |
| 31 | っポイ！ | 22巻時点 | 1100万部 |
| 34 | BANANA FISH | 19巻【完結】 | 1028万部 |
| 35 | ママレード・ボーイ | 8巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | こどものおもちゃ | 10巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | 天使禁猟区 | 20巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | 花のあすか組! | 27巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | 快感･フレーズ | 17巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | ライフ | 20巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | 僕等がいた | 16巻【完結】 | 1000万部 |
| 35 | スキップ・ビート！ | 30巻時点 | 1000万部 |
| 43 | 天使なんかじゃない | 8巻【完結】 | 913万部 |
| 44 | クローバー | 24巻【完結】 | 860万部 |
| 45 | ハチミツとクローバー | 10巻【完結】 | 813万部 |
| 46 | 山田太郎ものがたり | 15巻【完結】 | 800万部 |
| 46 | 八雲立つ | 19巻【完結】 | 800万部 |
| 46 | エロイカより愛をこめて | 29巻時点 | 800万部 |
| 49 | ヤマトナデシコ七変化 | 34巻【完結】 | 750万部 |
| 49 | 僕の初恋をキミに捧ぐ | 12巻【完結】 | 750万部 |
| 51 | ホットロード | 4巻【完結】 | 700万部 |
| 51 | 砂時計 | 10巻【完結】 | 700万部 |
| 53 | 高校デビュー | 15巻【完結】 | 630万部 |
| 54 | 僕は妹に恋をする | 10巻【完結】 | 600万部 |
| 54 | paradise kiss | 5巻【完結】 | 600万部 |
| 56 | 陰陽師 | 11巻時点 | 540万部 |
| 57 | 神風怪盗ジャンヌ | 7巻【完結】 | 500万部 |
| 57 | エイリアン通り | 8巻【完結】 | 500万部 |
| 57 | グッドモーニング･コール | 11巻【完結】 | 500万部 |
| 57 | 百鬼夜行抄 | 14巻時点 | 500万部 |
| 57 | 先生！ | 20巻【完結】 | 500万部 |
| 62 | 風と木の詩 | 17巻【完結】 | 490万部 |
| 63 | パフェちっく! | 22巻【完結】 | 480万部 |
| 64 | 罪に濡れたふたり | 17巻時点 | 450万部 |
| 65 | D･N･ANGEL | 11巻時点 | 400万部 |
| 65 | ここはグリーン・ウッド | 11巻【完結】 | 400万部 |
| 67 | BUD BOY | 19巻【完結】 | 380万部 |
| 68 | ごくせん | 11巻時点 | 370万部 |
| 69 | GALS！ | 7巻時点 | 350万部 |
| 70 | 彼first love | 9巻時点 | 320万部 |
| 71 | 日出処の天子 | 11巻【完結】 | 305万部 |
| 72 | ホタルノヒカリ | 10巻時点 | 300万部 |
| 72 | 闇の末裔 | 10巻時点 | 300万部 |
| 72 | 学園アリス | 11巻時点 | 300万部 |
| 72 | B.O.D.Y | 12巻時点 | 300万部 |
| 72 | 妖しのセレス | 14巻【完結】 | 300万部 |
| 72 | ぴくぴく仙太郎 | 30巻時点 | 300万部 |
※データは日本国内での部数（2022年７月現在）