| 順位 | 曲 名 | 歌 手 名 | 売上枚数 |
| 1位 | TSUNAMI | サザンオールスターズ | 288.6万 |
| 2位 | 桜坂 | 福山雅治 | 228.0万 |
| 3位 | Wait&See ～リスク～ | 宇多田ヒカル | 166.2万 |
| 4位 | Love, Day After Tomorrow | 倉木麻衣 | 138.5万 |
| 5位 | SEASONS | 浜崎あゆみ | 136.2万 |
| 6位 | らいおんハート | SMAP | 128.4万 |
| 7位 | 恋のダンスサイト | モーニング娘。 | 122.9万 |
| 8位 | 今夜月の見える丘に | B’z | 112.8万 |
| 9位 | ちょこっとLOVE | プッチモニ | 112.3万 |
| 10位 | NEO UNIVERSE／finale | L’Arc～en～Ciel | 110.3万 |
| 11位 | 孫 | 大泉逸郎 | 106.0万 |
| 12位 | 慎吾ママのおはロック | 慎吾ママ | 105.7万 |
| 13位 | とまどい/SPECIAL THANKS | GLAY | 100.9万 |
| 14位 | Everything | MISIA | 100.7万 |
| 15位 | ハッピーサマーウェディング | モーニング娘。 | 97.8万 |
| 16位 | Secret of my heart | 倉木麻衣 | 96.8万 |
| 17位 | Stay by my side | 倉木麻衣 | 92.2万 |
| 18位 | For You/タイム・リミット | 宇多田ヒカル | 88.8万 |
| 19位 | 夏の王様/もう君以外愛せない | KinKi Kids | 87.4万 |
| 20位 | HOTEL PACIFIC | サザンオールスターズ | 82.3万 |
| 21位 | HEAVEN | 福山雅治 | 78.0万 |
| 22位 | MERMAID | GLAY | 77.1万 |
| 23位 | vogue | 浜崎あゆみ | 76.7万 |
| 24位 | STAY AWAY | L’Arc～en～Ciel | 73.3万 |
| 25位 | 口笛 | Mr.Children | 72.4万 |
| 26位 | 愛情/can’t hold me back | 小柳ゆき | 71.9万 |
| 27位 | ギブス | 椎名林檎 | 71.4万 |
| 28位 | サウダージ | ポルノグラフィティ | 71.1万 |
| 29位 | May | B’z | 69.5万 |
| 30位 | あなたのキスを数えましょう～You were mine～ | 小柳ゆき | 67.5万 |
| 31位 | juice | B’z | 67.4万 |
| 32位 | NEVER END | 安室奈美恵 | 64.0万 |
| 33位 | I WISH | モーニング娘。 | 63.7万 |
| 34位 | 夏祭り | Whiteberry | 63.3万 |
| 35位 | Deep Impact | Dragon Ash feat.ラッパ我リヤ | 61.2万 |
| 36位 | NOT FOUND | Mr.Children | 60.7万 |
| 37位 | RING | B’z | 54.6万 |
| 38位 | 罪と罰 | 椎名林檎 | 54.5万 |
| 39位 | 楽園 | 平井堅 | 53.7万 |
| 40位 | 好きになってく 愛してく/KinKiのやる気まんまんソング | KinKi Kids | 52.5万 |
| 41位 | ZOO | ECHOES | 52.1万 |
| 42位 | Next 100 Years | J-FRIENDS | 51.3万 |
| 43位 | Far away | 浜崎あゆみ | 51.0万 |
| 44位 | 赤い日記帳 | あか組4 | 50.7万 |
| 45位 | ZOO～愛をください～ | 蓮井朱夏 | 50.7万 |
| 46位 | Goodbye Yesterday | 今井美樹 | 50.4万 |
| 47位 | be alive | 小柳ゆき | 49.7万 |
| 48位 | Addicted To You | 宇多田ヒカル | 49.3万 |
| 49位 | 本能 | 椎名林檎 | 49.2万 |
| 50位 | HAPPINESS-WINTER MIX- | GLAY | 48.7万 |
2000年（平成12年）ヒット曲ランキング
